システムの利用法

 

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システムの利用法について

はじめに
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SNP公開データベースの使い方

<STEP1>プロジェクト(癌種・抗がん剤)を指定

検索を行うプロジェクトを指定してください。
プルダウン形式のフォームをクリックして、表示されたプロジェクトから1つを選択してください。

<STEP2>タイピング結果を表示する遺伝子グループを指定

検索したい遺伝子のグループを指定してください。
指定方法には次の4つがあります。

  • 全ての遺伝子
  • 染色体選択
  • Family選択
  • 遺伝子名入力

・全ての遺伝子:登録されている全ての遺伝子を表示します

・染色体選択:選択した染色体に属する遺伝子を表示します

1.染色体番号をクリック(例:Chr9)
2.追加ボタンをクリック



・Family選択:選択した遺伝子ファミリーに属する遺伝子を表示します

1.アルファベットのインデックスをクリック(例:GHI)
2.ファミリー名をクリック(例:heat shock protein)
3.追加ボタンをクリック



・遺伝子名入力:遺伝子名の一部を入力すると、前方一致する遺伝子を表示します

例:ABCA → ABCA1,ABCA4,…


<STEP3>遺伝子の選択

チェックボックスにより遺伝子の最終的な選択ができます。

step3

結果の表示

選択された遺伝子の各SNPに対して、

  • SNP基本情報:dbSNP ID、遺伝子名、染色体番号、位置
  • プロジェクト別データ:癌種および副作用別のジェノタイプ頻度

が出力されます。「検索結果一覧」をクリックすると、各SNPの基本情報のほかに、癌研究会ゲノムセンターでタイピングを行ったがん患者約1100名でのジェノタイプ頻度がリストとして表示されます。

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【連絡先】癌研究会ゲノムセンター・情報解析グループリーダー
 松浦正明:mmatsuura@jfcr.or.jp
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